パスが問題になるのであれば， PWD=$(shell pwd) などしておき， --with-gmp-include=$(PWD)/$(GMP) などすればよいのではないでしょうか．
>もなかさん 確かに相対パスではなく絶対パスでやるのが、トラブルを安全に回避できそうですね。configureの生成するMakefileでのトラブルを解消するため、どこで何のMakefileが生成されているのか追うとなると大変です。